Expression signature, prognosis value and immune characteristics of cathepsin F in non-small cell lung cancer identified by bioinformatics assessment

Song, Liyuan; Wang, Xianhui; Cheng, Wang; Wu, Yi; Liu, Min; Liu, Ruizi; Zhang, Shenyi; Xia, Hong; Liu, Hao; Tai, Xuejiao; Zhao, Huzi; Li, Xihua; Ji, Fuyun

doi:10.1186/s12890-021-01796-w

Table 1 Correlation between CTSF expression and that of immune cell markers using TIMER

From: Expression signature, prognosis value and immune characteristics of cathepsin F in non-small cell lung cancer identified by bioinformatics assessment

Description	Gene markers	LUAD (n = 515)				LUSC (n = 501)
		None		Purity		None		Purity
		cor	p	cor	p	cor	p	cor	p
CD8⁺ T cell	CD8A	− 0.075	0.088	− 0.092	*	0.104	*	0.101	*
CD8⁺ T cell	CD8B	− 0.033	0.948	− 0.015	0.739	0.229	***	0.220	***
T cell (general)	CD3D	− 0.016	0.709	− 0.020	0.651	0.076	0.090	0.068	0.139
	CD3E	0.032	0.473	0.042	0.353	0.118	**	0.118	**
	CD2	0.020	0.648	0.025	0.577	0.107	*	0.102	*
B cell	CD19	0.139	**	0.176	***	0.115	*	0.115	*
B cell	CD79A	0.157	***	0.191	***	0.154	***	0.168	***
Monocyte	CD86	0.039	0.372	0.004	0.388	0.130	*	0.125	0.006
Monocyte	CD115(CSF1R)	0.133	**	0.145	**	0.186	***	0.197	***
TAM	CCL2	0.085	0.053	0.094	*	0.215	***	0.211	***
	CD68	0.008	0.860	0.013	0.776	0.052	0.245	0.038	0.413
	IL10	0.093	*	0.112	*	0.186	***	0.190	***
M1 Macrophage	INOS(NOS2)	0.096	*	0.109	*	0.135	**	0.121	**
	IRF5	0.025	0.564	0.031	0.492	0.015	0.740	0.009	0.840
	COX2(PTGS2)	0.046	0.295	0.037	0.407	0.103	*	0.095	*
M2 Macrophage	CD163	0.012	0.794	0.009	0.843	0.135	**	0.130	**
	VSIG4	0.024	0.592	0.032	0.480	0.140	**	0.134	**
	MS4A4A	0.041	0.355	0.050	0.263	0.118	**	0.110	*
Neutrophils	CD66B(CEACAM8)	0.187	***	0.202	***	0.130	**	0.109	*
	CD11B(ITGAM)	0.100	*	0.109	*	0.163	***	0.164	***
	CCR7	0.118	**	0.152	***	0.153	***	0.153	***
Natural killer cell	KIR2DL1	− 0.083	0.060	− 0.095	*	0.030	0.051	0.021	0.652
	KIR2DL3	− 0.145	***	− 0.143	**	0.019	0.677	0.012	0.796
	KIR2DL4	− 0.213	***	− 0.236	***	0.001	0.986	− 0.010	0.890
	KIR3DL1	− 0.081	0.066	− 0.086	0.556	0.103	*	0.087	0.058
	KIR3DL2	− 0.108	*	− 0.121	**	− 0.021	0.634	− 0.034	0.465
	KIR3DL3	− 0.151	***	− 0.154	***	0.040	0.377	0.036	0.434
	KIR2DS4	− 0.071	0.108	− 0.073	0.105	0.027	0.550	0.024	0.600
Dendritic cell	HLA-DPB1	0.186	***	0.208	***	0.156	***	0.168	***
	HLA-DQB1	0.134	**	0.155	***	0.095	*	0.098	*
	HLA-DRA	0.156	***	0.173	***	0.140	**	0.145	**
	HLA-DPA1	0.179	***	0.197	***	0.151	***	0.157	***
	BDCA-1(CD1C)	0.197	***	0.217	***	0.101	*	0.103	*
	BDCA-4(NRP1)	0.061	0.168	0.059	0.190	0.262	***	0.184	***
	CD11c(ITGAX)	0.056	0.203	0.059	0.191	0.088	*	0.094	*
Th1	T-bet(TBX21)	− 0.029	0.514	− 0.026	0.566	0.078	0.082	0.078	0.090
	STAT4	0.051	0.248	0.056	0.213	0.189	***	0.211	***
	STAT1	− 0.121	**	− 0.144	**	0.031	0.495	0.026	0.569
	IFN-γ (IFNG)	− 0.206	***	− 0.225	***	− 0.051	0.256	− 0.034	0.462
	TNF-α (TNF)	0.048	0.274	0.061	0.173	0.075	0.092	0.067	0.142
Th2	GATA3	0.071	0.106	0.075	0.097	0.310	***	0.307	***
	STAT6	0.102	**	0.113	*	0.043	0.340	0.042	0.358
	STAT5A	0.167	***	0.183	***	0.245	***	0.259	***
	IL13	0.024	0.588	0.024	0.598	0.033	0.466	0.020	0.656
Tfh	BCL6	0.188	***	0.192	***	− 0.031	0.486	− 0.034	0.458
Tfh	IL21	− 0.071	0.108	− 0.071	0.115	− 0.044	0.323	− 0.051	0.264
Th17	STAT3	0.206	***	0.213	***	0.189	***	0.187	***
Th17	IL17A	− 0.132	**	− 0.126	**	− 0.128	**	− 0.119	**
Treg	FOXP3	0.050	0.262	0.059	0.189	0.168	***	0.176	***
	CCR8	0.023	0.596	0.018	0.696	0.151	***	0.142	**
	STAT5B	0.286	***	0.293	***	0.287	***	0.289	***
	TGFβ (TGFB1)	0.171	***	0.181	***	0.084	0.059	0.075	0.102
T cell exhaustion	PD-1 (PDCD1)	0.002	0.958	0.001	0.991	0.137	**	0.146	**
	CTLA4	− 0.039	0.378	− 0.048	0.289	0.079	0.078	0.074	0.107
	LAG3	− 0.080	0.069	− 0.098	*	0.057	0.201	0.051	0.264
	TIM-3 (HAVCR2)	0.002	0.969	0.001	0.984	0.093	*	0.085	0.065
	GZMB	− 0.239	***	− 0.273	***	0.009	0.848	− 0.006	0.901

Back to article page

ISSN: 1471-2466

Contact us

Submission enquiries: bmcpulmonarymedicine@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com

BMC Pulmonary Medicine

Contact us